Este largo liderazgo en el mercado peruano causó que, en 1999, Coca Cola adquiriera, por 300 millones de dólares, el 60% de las acciones de la Inca Kola. Como parte del acuerdo de compra, la Corporación Lindley obtuvo el derecho de embotellar Coca-Cola y las marcas afines (Fanta, Sprite, etc) en el Perú. La transnacional estadounidense obtuvo, por otro lado, la propiedad de la marca para su producción y comercialización fuera del país manteniendo Lindley la propiedad de la misma en el Perú.
En el momento de la transacción, Inca Kola tenía cinco plantas de producción de esta bebida en los Estados Unidos, pocas en América Latina y una en Tailandia y la marca estaba patentada en todos los países del mundo. Por su parte la empresa Coca Cola se comprometió a incrementar su producción en el extranjero especialmente con miras al mercado asiático por ser compatible su gastronomía con el sabor de esta bebida y no con las gaseosas de color oscuro.
Por ahora, en Europa es importada y sólo se la encuentra en algunos lugares de venta especializados.
Actualmente, la formula de la bebida Inca Kola ya no es producida en el Perú, sino, en Chile. Siendo importada y puesta a la venta en el país de origen, por cuestiones comerciales. Este hecho, produjo un descenso en las ventas de la supuesta bebida nacional.
Sin embargo, Inca Kola sigue siendo la gaseosa con mayor número de ventas en el mercado peruano producto de la campaña publicitaria vigente en donde se resalta agresivamente los símbolos y valores nacionales relacionandola a esta bebida, en un intento de anular cualquier efecto negativo porque parte de esta bebida actualmente es de procedencia foránea.
